PCR aşamaları, DNA’nın belirli bir bölgesinin laboratuvar ortamında çoğaltılmasını sağlayan Polimeraz Zincir Reaksiyonu (Polymerase Chain Reaction) sürecinin temel basamaklarıdır. PCR, basitçe bir DNA fotokopi sistemi gibidir; hedef genetik bölgeyi milyonlarca kez kopyalayarak analiz edilebilir hale getirir. Bu teknik, genetik tanı, adli tıp, enfeksiyon hastalıkları ve moleküler biyoloji araştırmalarında temel bir yöntemdir.
PCR aşamaları, ısıya dayanıklı DNA polimeraz enzimi, primerler, nükleotidler (dNTP) ve reaksiyon tamponları kullanılarak gerçekleştirilir. Süreç, termal döngü cihazlarında (thermocycler) otomatik olarak yönetilir ve genellikle üç ana fazdan oluşur.
PCR Aşamaları Nelerdir?
PCR aşamaları nelerdir sorusunun yanıtı, üç temel basamakta açıklanabilir:
- Denatürasyon (Çift Zincirin Ayrılması)
İlk aşamada, DNA örneği yaklaşık 94–96°C sıcaklığa kadar ısıtılır. Bu yüksek sıcaklık, çift zincirli DNA’nın hidrojen bağlarını koparır ve iki tek zincirli DNA oluşturur.
Bu adım, PCR’ın başlama noktasıdır çünkü hedef DNA bölgesi bu şekilde erişilebilir hale gelir. - Annealing (Bağlanma / Eşleşme)
Sıcaklık bu aşamada 50–65°C civarına düşürülür. Bu sıcaklıkta, hedef DNA bölgesine özgü olarak tasarlanmış primerler, DNA’nın tamamlayıcı bölgelerine bağlanır.
Primerler, DNA polimerazın senteze başlayabilmesi için gerekli olan başlangıç noktalarını oluşturur. - Extension (Uzama / Sentezleme)
Son aşamada sıcaklık 72°C civarına ayarlanır; bu, Taq polimeraz enziminin en verimli çalıştığı sıcaklıktır.
Enzim, bağlı primerlerden itibaren yeni DNA zincirlerini sentezler ve böylece hedef DNA bölgesi kopyalanır.
Her döngü sonunda DNA miktarı katlanarak artar ve 30–40 döngü sonunda milyonlarca kopya elde edilir.
Bu üç basamak, cihaz tarafından otomatik olarak tekrarlanır ve her turda DNA miktarı geometrik olarak artar.
Real Time PCR Aşamaları
Real Time PCR aşamaları, klasik PCR ile aynı temel adımlara sahiptir ancak ek olarak floresan tabanlı ölçüm yapılır. Bu sayede DNA çoğaltımı yalnızca sonunda değil, her döngüde gerçek zamanlı olarak izlenir.
Real Time PCR süreci şu şekilde ilerler:
- Denatürasyon: DNA zincirleri ısı ile ayrılır.
- Annealing: Primerler hedef bölgeye bağlanır.
- Extension: DNA polimeraz enzimi yeni zinciri sentezler.
- Floresan Okuma: Her uzama aşamasında, floresan boya veya prob sinyal verir. Bu sinyal cihaz tarafından ölçülür ve Ct (Cycle threshold) değeri hesaplanır.
Bu fazlar, Real Time PCR’ı klasik PCR’dan ayıran en önemli özelliktir. Çünkü Real Time PCR, DNA çoğaltımını eş zamanlı olarak izleyerek hem kalitatif (var/yok) hem de kantitatif (miktar) veri sağlar.
PCR ve Real Time PCR Arasındaki Fark
- PCR, çoğaltma sonrası ürünleri jel elektroforez ile gözlemler.
- Real Time PCR, her döngüde DNA miktarını floresan sinyallerle ölçer.
- Real Time PCR sonuçları daha hızlı, daha duyarlı ve kantitatif veriler sağlar.
Avaks, PCR ve Real Time PCR aşamalarında kullanılan termal cycler cihazları, qPCR sistemleri, optik sarf malzemeleri, reaksiyon kitleri ve master mix çözümleri ile laboratuvarların güvenilir ve tekrarlanabilir sonuçlar elde etmesine yardımcı olur.
PCR ve Real Time PCR aşamaları, moleküler biyolojinin en kritik süreçlerinden biridir. Avaks, bu süreçlerin her aşamasında yüksek kaliteye sahip ekipman ve çözümleriyle araştırmacılara güçlü bir laboratuvar altyapısı sunar.
